Η πρώτη επίσημη αναφορά στην αποκήρυξή του από το ΚΚΕ καταγράφεται στις 12 Ιουνίου 1945, τέσσερις ημέρες προτού αφήσει την τελευταία του πνοή στη χαράδρα του Φάγγου στη Μεσούντα Αρτας.
Ηταν ένα μονόστηλο στη δεύτερη σελίδα του «Ριζοσπάστη» με το οποίο κατέρρεε και η όποια αυταπάτη έτρεφε ο Αρης, ο οποίος προσέβλεπε στη στήριξη του Ζαχαριάδη που είχε αναλάβει εκ νέου τα ηνία του κόμματος.
Το μονόστηλο αυτό ανέφερε:
«Ο σ. Ζαχαριάδης μας ανεκοίνωσε ότι η ΚΕ του ΚΚΕ, αφού συζήτησε πάνω σε εκθέσεις που ήλθαν από διάφορες κομματικές οργανώσεις, αποφάσισε να καταγγείλει ανοικτά την ύποπτη και τυχοδιωκτική δράση του Αρη Βελουχιώτη (Θανάση Κλάρα ή Μιζέρια).
Ο Βελουχιώτης και ύστερα από τη σύναψη της Συμφωνίας της Βάρκιζας συνέχισε τη δράση του.
Η δράση αυτή, που μονάχα την αντίδραση μπορούσε να εξυπηρετήσει, γιατί της έδινε όπλα για να κτυπά το ΚΚΕ, να παραβιάζει τη Συμφωνία της Βάρκιζας και να δικαιολογεί τα εγκλήματά της, δεν επιτρέπει πια καμμιά καθυστέρηση για την ανοιχτή καταγγελία του Αρη Βελουχιώτη».
Η ρήξη του με το κόμμα οδήγησε στη διαγραφή του στις αρχές Απριλίου από την 11η Ολομέλεια της ΚΕ με την επιφύλαξη ότι η απόφαση αυτή θα ενεργοποιείτο αν δεν πειθαρχούσε στις κομματικές εντολές και δεν έβγαινε από τη χώρα.
Η απόφαση κρατήθηκε κρυφή αφενός προκειμένου να διαπιστωθεί αν ο Βελουχιώτης θα υλοποιήσει τις απειλές του και αφετέρου για να μην προκαλέσει αντιδράσεις μεταξύ των αφοπλισμένων ΕΛΑΣιτών αλλά και για να μην τον διευκολύνει στα σχέδιά του για νέο αντάρτικο.
Ο πρωτοκαπετάνιος του ΕΛΑΣ δεν πειθάρχησε και μάλιστα, ενώ βγήκε με την ομάδα του από τη χώρα και πέρασε στην Αλβανία, επέστρεψε συνεχίζοντας τις προσπάθειες για συγκρότηση αντάρτικων τμημάτων.
Ηταν τότε που η ηγεσία διαμήνυσε στις κομματικές οργανώσεις:
«Ούτε ψωμί ούτε νερό στον δηλωσία «Μιζέρια» Αρη».
Lefteria 